Đôi khi Sao Thủy chỉ đi qua Mặt Trời ở phần rìa đĩa và được gọi là sự quá cảnh Sao Thủy một phần. Có hai trường hợp xảy ra:

• Trường hợp thứ nhất. Trên thực tế Sao Thủy vẫn đi trọn vẹn vào đĩa Mặt Trời, nhưng tại những nơi khác nhau trên thế giới, những người quan sát chỉ thấy được Sao Thủy đi vào phần rìa của đĩa Mặt Trời. Lần quá cảnh vào ngày 15 tháng 11 năm 1999[16][17] đã ghi nhận điều này, trong khi phần lớn thế giới đều quan sát được Sao Thủy đi trọn vẹn vào đĩa Mặt Trời, thì ở Úc, New Zealand và Nam Cực chỉ quan sát được một phần. Lần quá cảnh trước đó một chu kỳ vào ngày 28 tháng 10 năm 743 và lần tiếp theo trong một chu kỳ vào ngày 11 tháng 5 năm 2391 cũng sẽ xảy ra tình trạng tương tự, do đường đi của Sao Thủy qua Mặt Trời sẽ giống nhau trong những lần quá cảnh cách nhau đúng chu kỳ. Cá biệt có hai lần quá cảnh như thế diễn ra chỉ cách nhau 2,5 năm, vào tháng 12 năm 6149 và tháng 6 năm 6152[18].
• Trường hợp thứ hai. Cũng tương tự như vậy, trên thực tế Sao Thủy đi vào rìa đĩa Mặt Trời vào lúc cực đại của quá cảnh, nhưng một phần của thế giới hoàn toàn không thấy được sự đi qua của Sao Thủy qua Mặt Trời. Lần quá cảnh vào ngày 11 tháng 5 năm 1937, trong khi quá cảnh một phần quan sát được ở nam Châu Phi và nam Châu Á, thì ở Châu Âu và bắc Châu Á không quan sát được lần quá cảnh này. Lần quá cảnh trước đó một chu kỳ vào ngày 21 tháng 10 năm 1342 và lần tiếp theo trong chu kỳ vào ngày 13 tháng 5 năm 2608 cũng xảy ra tình trạng tương tự.

Vào lúc cực đại của quá cảnh, nếu một phần thế giới quan sát được Sao Thủy đi vào phần rìa của đĩa Mặt Trời thì phần còn lại của thế giới sẽ không thấy được quá cảnh. Nhưng nếu một phần thế giới quan sát được Sao Thủy đi vào trọn vẹn đĩa Mặt Trời, thì trường hợp phần còn lại của thế giới không thấy được quá cảnh sẽ không bao giờ xảy ra, lúc này phần còn lại của thế giới sẽ quan sát được quá cảnh một phần.